از آزمون سراسری در سه رشته برای دوره دكتری پیوسته (PhD) دانشجو پذیرفته می شود. این رشته ها عبارتند از دكتری ریاضی، دكتری فیزیك و دكتری بیوتكنولوژی. كسانی می توانند این رشته ها را انتخاب كنند كه در آزمون سراسری رتبه های كشوری بین یك تا 500 داشته و نمره كل آنها بزرگتر از10000 باشد. داوطلبان گروههای ریاضی می توانند هر سه رشته را انتخاب كنند و داوطلبان گروه تجربی تنها می توانند رشته بیوتكنولوژی را انتخاب نمایند. در دانشگاهها شرایط ویژه ای برای ادامه تحصیل در این رشته ها تدوین شده است. رشته بیوتكنولوژی در دانشگاه تهران و رشته فیزیك در دانشگاه علوم پایه زنجان و رشته ریاضی در دانشگاه امیركبیر، دانشگاه تربیت معلم تهران دایر است. شرایط تحصیل در این دوره ها از رشته ای به رشته دیگر متفاوت ولی درمجموع اگر معدل دانشجو (مثلا در رشته فیزیك) در پایان 4 سال كمتر از 16 باشد اجازه ادامه تحصیل برای دوره كارشناسی ارشد نداشته و دانشجو با درجه كارشناسی فارغ التحصیل خواهد شد. تعداد واحدها در دوره های دكتری قریب به 200 واحد می باشد. رشته های ریاضی و فیزیك به صورت ناپیوسته در دانشگاههای كشور دایر است. داوطلبان می توانند اطلاعات مربوط به دوره های كارشناسی ریاضی و فیزیك را از همین دفترچه مطالعه كنند. رشته بیوتكنولوژی رشته ای است میان رشته ای كه از اساتید شیمی، زیست شناسی و بیوفیزیك در تدریس دروس آن استفاده می شود.
